科學合理的發酵可以增進抗病有機物在發酵進程中伴同著微生物大批的滋生和一系列龐雜的生物化學反應，微生物在滋生進程中產生大批的 代謝物質，如激素、抗生素、自身免疫物質，能夠增進作物快捷生長發育，抑制泥土病害的傳播，提高作物抗病抗逆的能力。而不經過發酵解決的有機肥不僅沒有上述有點，因為自身攜帶的病毒細菌還成為作物病害的主要起源。 1、確保發酵臺底部通風供氧; 2、農家肥堆捂的堆體高0.8—1.5米，堆寬1.5-2.0米為宜長度可依農家肥多少而定，堆肥的體積太小不利升溫發酵和徹底腐熟。 3、若農家肥時間太久或秸稈太多，發酵時需加入新鮮糞便進行調節; 4、堆好的糞堆加蓋覆蓋物，以免風干表面的農家肥不能徹底發酵; 5、自然發酵過的農家肥需經過相應調節才可進行二次發酵; 有機肥原料加工發酵小貼士： (一)用雜草、農作物秸桿發酵(25天左右可腐熟)：用粉碎或剁碎雜草、農作物秸桿(一般長度3—5厘米)，可用40%的糞水或沼渣沼液調節;也可用2%的尿素(含氮量46%)或等比含氮肥量復合肥進行調節;還可以按重量比3：1-4：1加入新鮮畜禽糞便進行調節。 (二)用純糞便發酵(20天左右可腐熟)：可以加入粉碎(剁碎)的雜草、農作物秸桿發酵、調節堆肥水份在60%左右為宜，常用添加重量比例為3：14：1進行調節發酵。 (三)用廄肥發酵(15天左右可腐熟)：可直接將菌種擴充體積后，均勻的在圈舍內撤一層，攪拌一下，直接堆放到發酵平臺上即可，重復操作即可，若水份偏大可在圈舍內加入適量碎的干輔料加以調節。
